Ak sú lítiové batérie dlhodobo skladované s plne nabitými alebo vybitými elektródami, dôjde k poškodeniu ich vnútornej štruktúry elektród. Pri plnom nabití je materiál kladnej elektródy náchylný na uvoľňovanie lítiových dendritov, ktoré môžu prepichnúť separátor a spôsobiť skrat; vo vybitom stave (s menej ako 20 % energie batérie) bude aktívny materiál zápornej elektródy oxidovať, čím sa urýchli strata kapacity. Správny prístup je skladovať batériu na úrovni nabitia 50 %-60 % pred jej odložením. Tento rozsah môže zabrániť nadmerným reakciám elektród a tiež zabrániť strate energie batérie v dôsledku samovybíjania počas skladovania. Ak si vezmeme ako príklad batérie mobilných telefónov, ak sa majú ponechať dlhší čas v nečinnosti, možno ich najskôr nabiť na približne 55 %, potom vypnúť a uložiť. Následná miera zachovania výkonu bude o viac ako 30 % vyššia ako pri skladovaní s plným výkonom.
Pokiaľ ide o teplotu, treba sa vyhnúť extrémnym prostrediam s vysokými a nízkymi teplotami. Ideálna skladovacia teplota je 10 stupňov - 25 stupňov . Vysoké teploty urýchlia rozklad elektrolytu, zatiaľ čo nízke teploty môžu spôsobiť zvýšenie vnútorného odporu batérie. Čo sa týka vlhkosti, je potrebné držať sa ďalej od vlhkého prostredia, ako sú kúpeľne a pivnice. Batériu je možné vložiť do uzavretého vrecka alebo -boxu odolného voči vlhkosti. V prípade potreby je možné použiť vysúšadlo, aby sa zabránilo prenikaniu vlhkosti do batérie a spôsobeniu korózie rozhrania alebo skratu vnútorných komponentov. Okrem toho by sa batéria počas skladovania nemala dostať do kontaktu s kovovými predmetmi (ako sú kľúče a mince), aby sa predišlo náhodnému skratu v dôsledku neočakávaného kontaktu kladných a záporných elektród. Batériu tiež nestláčajte, aby nedošlo k poškodeniu jej obalu, čo môže viesť k úniku elektrolytu.
Aj keď sú lítiové batérie v nečinnom stave, stále dochádza k miernemu samovybíjaniu-. Odporúča sa skontrolovať a dobiť batériu raz za 3 až 6 mesiacov: Najprv zmerajte napätie batérie (normálne napätie by malo byť medzi 3,6 V a 3,8 V, čo zodpovedá 50 % - 60 % nabitia batérie). Ak je napätie nižšie ako 3,5V, je potrebné použiť originálnu nabíjačku na nabitie na 50%-60% a potom pokračovať v skladovaní; zároveň sledujte vzhľad batérie. Ak zistíte, že škrupina je vydutá, deformovaná alebo preteká, okamžite prestaňte skladovať a správne s ňou narábajte. Už ho nepoužívajte. V prípade zariadení, ako sú notebooky a powerbanky, ak je celé zariadenie dlhšiu dobu nečinné, odporúča sa ho tiež zapnúť a skontrolovať stav batérie podľa tohto cyklu, aby nedošlo k nadmernému vybitiu batérie v dôsledku spotreby energie zariadenia na pozadí.
